Le Diclonius (Humain à deux cornes) était le mutant crée par l’humain. Il possède des cornes et à des capacités spéciales qui pourrait êtres décrites en tant que sixième sens. De même, ces mutants possèdent assez de puissance pour exterminer la race humaine. Effrayé par leur puissance, ils ont été isolés dans des laboratoires de recherches pour les étudier.
Cependant, par un accident, une fille diclonius détruit sa cellule de détention, tue les gardes de sécurité, et s’échappe du laboratoire. Elle se retrouve sur la côte de Yuigahama. Là, elle rencontre Kota et Yuka qui la nomme « Nyu », et commence a vivre avec elle……