Quelque temps ont passé depuis les événements de la première saison, Nanoha a repris sa vie normalement en continuant également à entraîner ses pouvoirs magiques. Pendant ce temps une petite fille du nom de Yagami Hayate assiste au réveil du Livre de l'ombre présent dans l'étagère de sa chambre. Peu de temps après cet événement, Nanoha est attaquée par une jeune enfant habillée de rouge et équipée elle aussi d'une arme intelligente comme celle de Nanoha. Qu'est ce que cette fille lui veut ? Et pourquoi l'attaque-t-elle ? Nanoha devra tout mettre en œuvre pour découvrir qui elle est et empêcher une fois de plus le monde de sombrer dans le chaos.