L'agent Kusanagi fait parti de la section 9, force spéciale de la police. C'est une femme cyborg dotée d'un Ghost, un esprit humain.
Un mystérieux cyber-pirate pénètre les réseaux informatiques les mieux protégés. Kusanagi et son équipe partent à sa recherche. Ils suspectent le ministre des affaires étrangères...