Saison 1 : Episode 1 à 12
Okajima Rokuro, surnommé Rock, est un jeune employé d'une firme Japonaise : Asahi Industrial. Il y mène une vie monotone. Cependant, sa vie d'employé va soudain basculée lorsqu'il sera pris en otage par l'équipage du Black Lagoon, qui sont là pour lui prendre la disquette dont il était résponsable.
Rock sera abandonné par ses patrons, il décidera de se joindre à l'équipage en tant que matelot.
C'est ainsi que Rock, rejoint Revy, Dutch et Benny.

Saison 2 : Episode 13 à 24
Alors que tout se passait bien pour l'équipage du Black Lagoon, deux jeunes enfants sont auteurs de nombreux meurtres dans le centre de Roanapura. Les deux enfants s'en prennent entres autres aux hommes de Balalaïka (voir section des personnages).
Balalaïka met leurs tête à prix et attire ainsi les pires chasseurs de primes, dans l'espoir de voir rapidement morts les deux enfants. L'équipage du Black Lagoon se lancera également dans l'affaire, avec en aide, une soeur de l'église de la violence : Eda.

Source: Nautiljon