L'histoire de DNA² commence par l'apparition dans notre monde d'une mystérieuse jeune femme, qui se révèle être une "opératrice DNA" du nom de Karine Aoi, fraîchement débarquée du futur. Dans ce futur (un siècle plus tard), la Terre connaît un très grave problème de surpopulation dû à un seul homme, surnommé le "Méga Playboy" qui aurait mis enceinte 100 femmes qui elles-même auraient transmis le gène du "Méga Playboy" à leurs progénitures (donc à chaque enfant né correspond à chaque fois une autre nouvelle centaine de femmes enceintes...). Voilà la raison pour laquelle Karine a été envoyée dans les années 90's. Son but est de neutraliser le gène du Méga Playboy à l'aide d'une balle spéciale.
Karine part donc à la recherche de la personne censée être à l'origine du fléau qui attend l'humanité. Il s'agit de Junta Momonari, un jeune garçon un peu renfermé, qui a du mal avec les filles en raison d'un problème assez particulier : quand il sent une petite excitation, il se met à vomir ! Heureusement, il a à ses côtés son amie d'enfance, Ami. Ces deux-là ont toujours formé un beau couple, mais Ami n'a jamais exprimé ses sentiments à l'égard de Junta. Problème, Junta tombe éperdument amoureux de Karine au premier regard...