L'histoire se place en 2017 au Japon où, il y a dix ans, Tokyo fut rasée par une anomalie gravitationnelle connue sous le nom de "Dead Hole". Depuis, à sa place se dresse Deadman Wonderland : la plus grosse prison du Japon transformée en parc d'attractions avec les détenus pour amusement, tout ceci sous couverts d'activité touristique aidant à la reconstruction du pays.
Ganta est lycéen et s'apprête à venir visiter Deadman Wonderland avec sa classe pour un voyage scolaire. C'est alors qu'un homme en rouge flottant à la fenêtre de sa classe au 3ème étage massacre tous ses camarades sauf lui tout en lui laissant un ptit cadeau dans la poitrine sous la forme d'une pierre rouge. Ganta, seul survivant est alors injustement accusé des meurtres et condamné à mort à Deadman Wonderland.

Source: Anime-kun