C'est l'histoire de Natsuru Seno, un garçon normal. Un jour, il se réveille pour se trouver transformé en une jeune et jolie fille. Un tigre en peluche «Harakiri Tora» vient à la vie et lui dit de se battre comme un guerrier psychique féminin «Kämpfer». Ne comprenant rien de ce qui se passe, Natsuru est impliqué dans les batailles contre d'autres Kämpfer.